Thời kỳ đầu

Thế kỷ 1 Giáo hội đã gom góp được khá nhiều hồ sơ. Hiện nay phần lớn bị thất lạc, nhưng may mà được sách vở đương thời và sau này trích dẫn xem xét nên tên vẫn còn.[7] Những thế kỷ sau Giáo hội gom càng nhiều quyền hạn, các giáo hoàng càng hay công du khắp châu Âu để đàm phán hiệp ước với vua các nước hay ra mặt cho mọi người biết. Vì lúc đi thì phải mang theo tài liệu lưu trữ để làm việc nên mất mát một số giấy tờ.[7] Ban đầu tư liệu của Giáo hội được lưu trữ ở Cung Lateran, về sau tại nơi ở chính thức của giáo hoàng.[7]

Thế kỷ 11 có ít nhất ba kho lưu trữ: Cung Lateran, Vương cung thánh đường Thánh Peter, và cung điện Palatine.[7] Từ thế kỷ 11 đến thế kỷ 13 một phần lớn các tài liệu lưu trữ biến mất. Khi giáo hoàng tạm chuyển đến Avignon thì quá trình vận chuyển tài liệu lưu trữ tổng cộng mất 20 năm. Trên đường nhiều nơi trữ đỡ bị cướp phá vào năm 1314, năm 1319, và năm 1320.[7]

Những giáo hoàng đối cử cũng xây dựng kho lưu trữ riêng. Vào cuộc Ly giáo phương Tây có hai kho lưu trữ phát triển cùng lúc; lúc giáo hoàng đối lập Gioan XXIII nổi lên thì có đến ba.[7] Đến năm 1784 các kho lưu trữ của những đối thủ giáo hoàng mới được thống nhất với kho văn của Vatican.[7] Khi Vatican bị cướp vào năm 1404 sổ sách và sử liệu bị vứt xuống đường, còn Giáo hoàng Innôcentê VII thì bỏ trốn thành phố. Có tin là hậu nhiệm Giáo hoàng Grêgôriô XII bán một lượng lớn tài liệu lưu trữ vào năm 1406, bao gồm một vài sổ sách giáo hoàng.[7]

Năm 1612 Giáo hoàng Phaolô V ra lệnh gom góp tất cả giấy tờ của Giáo hội vào một chỗ.[7]

Thời kỳ Napoléon

Thập kỷ 1790 Napoléon yêu cầu các nước trên bán đảo Ý bị Pháp chinh phục phải cống nạp tranh vẽ và bản thảo. Theo hiệp định ngừng chiến với Toà Thánh vào ngày 23 tháng 6 năm 1796 “Giáo hoàng sẽ giao cho Pháp 100 bức tranh, tượng bán thân, bình hoa hay tượng … cùng 500 bản thảo”, tất cả đều do Pháp chọn. Trong các sách vở gửi đến Paris có quyển Codex Vaticanus là bản Kinh Thánh bằng tiếng Hy Lạp lâu đời nhất còn tồn tại. Lúc lên ngôi hoàng đế vào năm 1804 thì Napoléon trù hoạch xây dựng kho lưu trữ các tư liệu và kho báu của châu Âu đặt ở Paris. Năm 1809 ra lệnh chuyển toàn bộ Văn khố Vatican đến Paris; năm 1813 hơn 3.000 thùng đã được tải đi mà chỉ chịu tổn thất nhỏ.[8]

Tháng 4 năm 1814 tân chính phủ Pháp bắt đầu trả lại hồ sơ lưu trữ sau khi Napoléon bại trận, nhưng không tài trợ đầy đủ hành trình, dẫn đến thất lạc trên đường. Quan chức Vatican phải gây kinh phí bằng cách bán một số tập cũng như gói các tài liệu để bán theo trọng lượng.[lower-alpha 1] Uớc tính là “khoảng từ một phần tư đến một phần ba tài liệu lưu trữ tải đến Paris không cánh mà bay.”[8][lower-alpha 2]

Thế kỷ 19

Năm 1855 Văn khố bắt đầu xuất bản các pho tài liệu nhiều cuốn. Từ năm 1867 cho phép học giả  lấy những tư liệu về phiên xét xử Galileo để vỗ về cho yên tố cáo là Giáo hội tẩy trắng cuộc Thẩm giáo, dẫn đến tranh cãi kéo dài về tính xác thực của tài liệu.[11] Khả năng xem xét tài liệu giới nghiên cứu mất trong thời gian ngắn sau khi Giáo hội mất nước vào năm 1870, bị quan chức lưu trữ hạn chế để khẳng định quyền kiểm soát đối với nước Ý thắng trận.[12]

Năm 1879 Giáo hoàng Lêô XIII bổ nhiệm Hồng y Josef Hergenröther làm chuyên viên lưu trữ, ngay lập tức đề nghị rằng các sử gia được vào kho lưu trữ.[12] Hạn chế vốn dĩ là do lo ngại rằng các tín đồ đạo Tin Lành có thể mượn cớ nghiên cứu để phỉ báng hay làm xấu mặt Giáo hội. Lúc đầu Giáo hoàng Lêô ra lệnh cất phòng đọc, mở vào ngày 1 tháng 1 năm 1881.[13] Khi nhận tin nhà sử học theo đạo Tin Lành dùng tài liệu kho văn bào chữa Giáo hội chống cáo buộc làm giả giấy tờ[lower-alpha 3] thì càng phục. Tháng 8 năm 1883 gởi thư đến ba hồng y cùng phụ trách kho lưu trữ, ca ngợi cách nghiên cứu lịch sử có thể làm rõ vai trò của giáo hoàng trong văn hóa châu Âu và chính trị Ý. Giáo hoàng tuyên bố cho phép những nhà nghiên cứu công chính thận trọng vào kho lưu trữ; tháng 2 năm 1884 nói trước Hội Görres: “Hãy tìm về nguồn. Đó là lý do tôi đã mở kho văn cho các bạn. Chúng tôi không sợ người ta công bố tài liệu.”[14][15]

Thời nay

Năm 1979 sử gia Carlo Ginzburg gởi thư đến tân Giáo hoàng Gioan Phaolô II xin mở kho lưu trữ tài liệu Bộ Giáo lý Đức tin, cũng gọi là Kho văn Thẩm giáo. Theo Giáo hoàng Biển Đức XVI bức thư góp phần đẩy Toà Thánh ra quyết định mở khoá.[16]

Mặc dù có chính sách khoá tài liệu về một giáo hoàng đến 75 năm sau khi hết nhiệm kỳ, song một vài giáo hoàng đã cho phép ngoại lệ. Giáo hoàng Phaolô VI công bố các hồ sơ của Công đồng Vaticanô II không lâu sau khi bế mạc, còn Giáo hoàng Gioan Phaolô II thì cho phép học giả lấy những tài liệu từ kho lưu trữ lịch sử của Bộ Ngoại giao Thành Vatican liên hệ tới quan hệ giữa Toà Thánh và Đức vào nhiệm kỳ của Giáo hoàng Piô XI để “chấm dứt những suy đoán vô cớ và thiếu suy nghĩ” về Giáo hội với Đảng Quốc xã.[17]

Sau khi bộ phim Thiên thần & Ác quỷ gây chú ý Văn khố thì Toà Thánh cho một nhóm nhà báo tham quan vào năm 2010 để phản bác nội dung của phim.[18]

Năm 2018 Giáo hoàng Phanxicô ra lệnh Văn khố mở những tài liệu có thể trợ giúp việc xem xét cựu Hồng y Theodore McCarrick, bị tố cáo quấy rối tình dục chủng sinh và có quan hệ với linh mục trẻ.[19][20]

Ngày 4 tháng 3 năm 2019 Giáo hoàng Phanxicô thông báo tài liệu liên quan đến Giáo hoàng Piô XII sẽ mở vào ngày 2 tháng 3 năm 2020. Phanxicô than rằng sự nghiệp của Piô bị chê một cách bất công và quá mức, nhưng tin là Giáo hội chẳng phải sợ sử học và mong đợi những lời chỉ trích thích đáng.[21] Ngoài giúp xem xét cách Piô đối phó với cuộc Holocaust ra các tư liệu lưu trữ sẽ trỏ ra việc Kitô giáo thay đổi phạm vi từ châu Âu xuống Nam Toàn cầu.[22] Từ năm 2006 khoảng 16 triệu trang tài liệu đang được bộ phận lưu trữ sửa soạn cho các nhà nghiên cứu dễ xem.[23]